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genefirst ATOM-Seq技術(shù)概述

更新時(shí)間：2021-01-04 點(diǎn)擊次數(shù)：3381

genefirst一家專注于傳染病，癌癥診斷和個(gè)性化醫(yī)學(xué)的分子診斷公司。我們?yōu)檠芯咳藛T，臨床醫(yī)生和制藥公司提供功能強(qiáng)大，易于使用且靈敏的分子診斷解決方案，以準(zhǔn)確診斷和提供安全有效的藥物。

genefirst ATOM-Seq技術(shù)概述

XCeloSeq文庫制備產(chǎn)品采用了獲得的GeneFirst突破性技術(shù)ATOM-Seq®。這種方法使用一種簡單而優(yōu)雅的化學(xué)方法來捕獲DNA，原始分子充當(dāng)引物，其3'端通過聚合酶延伸。

使用ATOM-Seq方法，將分子標(biāo)識符（UMI）和通用銜接子序列直接并入每個(gè)原始樣品分子的可用3'端。

樣品DNA或cDNA與銜接子模板寡核苷酸結(jié)合

DNA分子退火至ATO的3'末端。

ATO反應(yīng)

動手時(shí)間： 5分鐘

孵育時(shí)間：70分鐘

退火后，聚合酶以ATO序列為模板延伸原始分子。

使用其ATO模板，聚合酶將分子標(biāo)識符（UMI）和通用引物位點(diǎn)整合到捕獲的分子中。

線性放大

動手時(shí)間：5分鐘

孵育時(shí)間：35分鐘

通用引物用于多輪線性擴(kuò)增，從而改善了誤差校正。這也意味著即使線性產(chǎn)物在有義和反義鏈靶向富集之間進(jìn)行劃分，所有原始副本都可以在下游反應(yīng)中顯示

下游協(xié)議

方案時(shí)間包括所示的所有步驟，從初的ATO反應(yīng)到終的珠子純化文庫。

靶向cfDNA

協(xié)議時(shí)間：

總計(jì)：5h 40m

動手：1h 20m

輸入金額：

小：1ng

靈敏度：

等位基因頻率： ≥0.1 ％

靶向RNA

協(xié)議時(shí)間：

總計(jì)：7h 20m

動手：1h 55m

輸入金額：

小：1ng

既已知又

未知基因融合

檢測：

全基因組

協(xié)議時(shí)間：

總計(jì)：4h 45m

動手：2h

輸入金額：

小：1ng

ATOM-Seq的主要優(yōu)勢

這種*的方法無需連接，并且通過僅需一個(gè)靶標(biāo)特異性引物進(jìn)行富集即可與傳統(tǒng)的基于PCR的方法區(qū)分開。這提供了許多優(yōu)勢，使XCeloSeq特別適合于挑戰(zhàn)性臨床材料，例如液體活檢或FFPE保留的RNA中的無細(xì)胞DNA（cfDNA）。

綠色的勾表示技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)的方面。
綠色條表示技術(shù)效率低下的方面。
紅叉表示該技術(shù)不能或不能做到的方面。

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genefirst ATOM-Seq技術(shù)概述

genefirst ATOM-Seq技術(shù)概述

靶向cfDNA

協(xié)議時(shí)間：

總計(jì)：5h 40m

動手：1h 20m

輸入金額：

推薦：5-50ng

小：1ng

靈敏度：

等位基因頻率： ≥0.1 ％

靶向RNA

協(xié)議時(shí)間：

總計(jì)：7h 20m

動手：1h 55m

輸入金額：

推薦：5-200ng

小：1ng

既已知又

未知基因融合

檢測：

全基因組

協(xié)議時(shí)間：

總計(jì)：4h 45m

動手：2h

輸入金額：

推薦：5-50ng

小：1ng

ATOM-Seq的主要優(yōu)勢